Dans cet opus, BJ Blazkowicz reprend du service pour déclarer la guerre aux forces nazies prêtes à tout pour dominer le monde. Votre but sera d'empêcher les nazis d'utiliser le Soleil Noir, une arme de destruction massive possédant des pouvoirs surnaturels qui leur permettrait de remporter la guerre. Face à vous, vous aurez des créatures monstrueuses créées par vos ennemis qui maîtrisent les sciences occultes. De votre côté, vous possédez un arsenal gigantesque d'armes provenant des camps alliés, de l'Axe, ainsi que les armes expérimentales des nazis. Replongez-vous dans un Wolfenstein dopé aux sciences occultes !